Bộ Giáo dục và Đào tạo có 50 đơn vị trực thuộc

Trong số 50 đơn vị kể trên có 37 trường đại học, Viện Đại học: ĐH Bách khoa Hà Nội, ĐH Xây dựng, ĐH Kinh tế quốc dân, ĐH Hà Nội, ĐH sư phạm Hà Nội, ĐH sư phạm Hà Nội 2, ĐH Ngoại thương, ĐH Thương mại, ĐH Giao thông vận tải, ĐH Mỏ - địa chất, ĐH Mỹ thuật công nghiệp, ĐH sư phạm nghệ thuật TW, Viện ĐH Mở Hà Nội, ĐH SP thể dục thể thao Hà Nội, ĐH Nông nghiệp Hà Nội, ĐH Khoa học và công nghệ Hà Nội, ĐH sư phạm kỹ thuật Hưng Yên; ĐH Tây Bắc, ĐH Vinh, ĐH Sư phạm TP. Hồ Chí Minh, ĐH sư phạm kỹ thuật thành phố HCM, ĐH Kinh tế TPHCM, ĐH SP thể dục thể thao TPHCM, Viện ĐH Mở TPHCM, ĐH Giao thông vận tải (cơ sở 2) TPHCM, ĐH Nông lâm TPHCM, ĐH Luật TPHCM, ĐH Việt Đức, ĐH Cần Thơ, ĐH Tây Nguyên, ĐH Thái Nguyên, ĐH Huế, ĐH Đồng Tháp, ĐH Quy Nhơn, ĐH Nha Trang, ĐH Đà Lạt, ĐH Đà Nẵng.

4 trường dự bị đại học trực thuộc Bộ GD&ĐT gồm: DBĐH Dân tộc Trung ương, DBĐH Dân tộc Sầm Sơn, DBĐH Dân tộc Nha Trang và DBĐH TP. Hồ Chí Minh.

3 trường cao đẳng trực thuộc Bộ GD&ĐT gồm: CĐSP Trung ương, CĐSP Trung ương Nha Trang và CĐSP Trung ương TP. Hồ Chí Minh).

Ngoài ra, các đơn vị trực thuộc khác là Trường Phổ thông vùng cao Việt Bắc, Trường Hữu nghị T78, Trường Hữu nghị 80; Trung tâm  Hỗ trợ đào tạo và Cung ứng nguồn nhân lực, trung tâm Đào tạo khu vực của SEAMEO tại Việt Nam và Viện Nghiên cứu Thiết kế trường học.